Pierwszym etapem remontu kosciola zostalo odtworzenie kaplicy Zwiastowania. W pazdzierniku 1998r. kaplica zostala poswiecona i nadano jej imie Matki Bozej Fatimskiej. Remont kompletnie zniszczonej kaplicy byl mozliwy dzieki Fatimskiemu Apostolatowi Rodzin (ks. Robert Fox) i pani Romualdzie Hankowskiej, kierownikowi projektu (†1999r.).

Obecnie w kaplicy odbywaja sie poranne nabozenstwa, sakrament pojednania i Adoracja Najswietszego Sakramentu.

W podziemiach kosciola, pod wschodnim ramieniem transeptu, w wydzielonej krypcie przez 140 lat spoczywaly doczesne szczatki ostatniego krola polskiego Stanislawa Augusta Poniatowskiego, ktory po detronizacji, na rozkaz Katarzyny II, przebywal najpierw w Grodnie, a potem przyjechal do Petersburga zaproszony przez imperatora Pawla I. Krol spedzil ostatni rok swojego zycia w palacu Marmurowym wybudowanym nad Newa przez slynnego architekta Rinaldiego. Wlasnie w tym palacu Poniatowski zmarl w 1798 r.

We mszy zalobnej w kosciele sw. Katarzyny uczestniczylo 10 tysiecy wiernych. Polski kompozytor Jozef Kozlowski skomponowal Requiem na smierc Krola Stanislawa Augusta, ktore po raz pierwszy zostalo wykonane podczas uroczystosci pogrzebowych krola. Trumna z prochami Stanislawa Augusta znajdowala sie w podziemiach kosciola do 1938r., a tuz przed zamknieciem kosciola zostala przewieziona do Wolczyna na Polesiu, miejsca jego urodzin. Krypta w kosciele sw. Katarzyny do dzisiaj pozostaje miejscem pamieci i modlitwy, gdzie przychodza liczni polscy pielgrzymi i turysci, zeby zlozyc hold ostatniemu krolowi Polski.

16 kwietnia 2000r. arcybiskup Tadeusz Kondrusiewicz poswiecil odremontowane prezbiterium. Do tego momentu wszystkie msze sw. byly odprawiane w bocznej kaplicy. Remont prezbiterium zostal zrealizowany dzieki ofiarom wiernych z roznych krajow, zebranych przez fundacje “Kirche in Not” i “Renovabis”.

Dach kosciola byl w katastroficznym stanie i ciagle przeciekal. Rekonstrukcja byla mozliwa dzieki pomocy Fundacji Papieskiej, Philadelphia, USA.

W roku 2003 Petersburg obchodzil uroczystosci 300-lecia. Arcybiskup Kondrusiewicz poswiecil odremontowany transept. W uroczystosci uczestniczyli przedstawiciele wladz miasta i roznych wyznan chrzescijanskich. To wydarzenie mialo wazne historyczne znaczenie – po raz pierwszy od momentu zamkniecia kosciola w 1938r. katolicki biskup przekroczyl prog glownych drzwi kosciola, ktore teraz sa szeroko otwarte dla wiernych i gosci ze wszystkich krajow swiata.

1938r., dziewietnastoletnia Zofia Stepulkowska uratowala ten Krzyz. Znalazwszy go na smietniku, z narazeniem zycia, przyniosla do domu. Krzyz powrocil do kosciola sw. Katarzyny w 1994r.. Umieszczono go w transepcie, w oltarzu, ktory pozostal nieodnowiony dla upamietnienia okrutnych lat przesladowania Kosciola.